法的には、通勤手当から有給休暇取得した日数分の交通費を給与から差し引くことはできます。
ただし、あらかじめ就業規則でルールを定めておく必要があります。

　通勤手当は法令等で支払うよう義務づけられているものではありません。それ故に、通勤手当は就業規則の規定に沿って支払われることになります。

　出勤した日にかかった実費のみ支払いたいときの就業規則の記載は、下記のような一文になります。
【例】
　　　・通勤手当は、実際に出勤をした出勤日に応じて支給する。
　　　・有給休暇取得日の通勤手当は支払わない。