労働基準法に「賃金はその全額を支払わなければならない」と規定されており、ルールに基づいた控除にしないと違法になります。 賃金控除について、就業規則と、賃金控除労使協定に定めがあり、実損額が算出され、社員の過失が明白な場合のみ控除して良いことになっています。
　また、賃金から控除することと、賠償額について、社員と個別合意を取っておきましょう。 （法令上、社員に実損害額の全額負担を負わせることは困難です。）